不同的用户可能需要用不同的文件编码编写程序。虽然未来编程的大趋势是统一使用UTF-8编码编写程序，但由于windows下gcc对UTF-8编码支持还不够完善，会导致诸如中文文件夹中的C/C++程序里面的__FILE__宏出错等奇怪的bug，所以目前还是建议普通用户使用操作系统的缺省编码来编写程序。
默认文件编码
通过"工具"菜单→“选项"打开"选项对话框”，在"编辑器"→“杂项"页中可以选择小熊猫C++在新建和保存文件时使用的默认文件编码。当"自动识别文件编码"未启用时，该编码也被用作打开文件时的默认编码。
自动识别编码
当该选项被启用时，小熊猫C++会自动判断被打开的文件内容是以UTF-8还是系统默认字符集编码。在简体中文环境下，如果用UTF-8或者系统默认字符集打开失败，还会尝试以gbk和gb18030打开文件。
由于作者本人对于其他语言所使用的字符集了解有限，所以暂时未实现其他语言环境下的非UTF-8及系统默认字符集自动识别支持。欢迎有兴趣的用户提供相关的信息或者实现。
强制使用指定的编码打开文件
如果小熊猫C++打开文件时所使用的编码不正确，用户可以在"编辑"菜单→“文件编码"子菜单中强制指定使用特定的编码来重新打开文件。该操作不会改变磁盘上的文件内容。
转换文件编码
用户可以在"编辑"菜单→“文件编码"子菜单中将文件转换为指定的编码。
注意：该操作会改写磁盘上的文件的内容，所以用户在操作前最好先做好文件的备份。
建议文件编码和实际文件编码
小熊猫C++打开的每个文件编辑器都有两个参数，（建议）编码和实际编码。文件打开保存时会根据文件内容和（建议）编码来计算实际编码：
- 当文件中不包含非ascii字符时，文件的实际编码是ASCII；
- 否则，文件的实际编码与编码一致。
小熊猫C++在编译程序时，会根据文件的实际编码来生成相应的gcc编译参数。